MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Methylobacterium extorquens CM4 plasmid pMCHL02

Total Repeats: 384

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011760	CT	3	6	101	106	0 %	50 %	0 %	50 %	218534718
2	NC_011760	C	6	6	247	252	0 %	0 %	0 %	100 %	218534718
3	NC_011760	GAT	2	6	336	341	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218534718
4	NC_011760	TCC	2	6	362	367	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	218534718
5	NC_011760	CTC	2	6	384	389	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	218534718
6	NC_011760	AGC	2	6	397	402	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	218534718
7	NC_011760	GGT	2	6	438	443	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	218534718
8	NC_011760	CCG	2	6	472	477	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	218534718
9	NC_011760	GGC	2	6	485	490	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	218534718
10	NC_011760	GCG	2	6	559	564	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	218534718
11	NC_011760	TGGC	2	8	566	573	0 %	25 %	50 %	25 %	218534718
12	NC_011760	GGC	2	6	588	593	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	218534718
13	NC_011760	GCG	4	12	597	608	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	218534718
14	NC_011760	CGGC	2	8	824	831	0 %	0 %	50 %	50 %	218534718
15	NC_011760	TCA	2	6	1245	1250	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	218534719
16	NC_011760	GGC	2	6	1363	1368	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	218534719
17	NC_011760	CCG	2	6	1377	1382	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	218534719
18	NC_011760	TCG	2	6	1482	1487	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218534719
19	NC_011760	GGAAA	2	10	1560	1569	60 %	0 %	40 %	0 %	218534719
20	NC_011760	GGA	2	6	1630	1635	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	218534720
21	NC_011760	CCT	2	6	1705	1710	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	218534720
22	NC_011760	GCT	2	6	1819	1824	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218534720
23	NC_011760	CG	3	6	1838	1843	0 %	0 %	50 %	50 %	218534720
24	NC_011760	GGC	2	6	1930	1935	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	218534720
25	NC_011760	TCG	2	6	1964	1969	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218534720
26	NC_011760	CGG	2	6	1973	1978	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	218534720
27	NC_011760	CTT	2	6	2128	2133	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	218534721
28	NC_011760	CGAT	2	8	2139	2146	25 %	25 %	25 %	25 %	218534721
29	NC_011760	GGT	2	6	2250	2255	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	218534721
30	NC_011760	GAC	2	6	2258	2263	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	218534721
31	NC_011760	GGC	2	6	2266	2271	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	218534721
32	NC_011760	CGG	2	6	2290	2295	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	218534721
33	NC_011760	ACG	2	6	2345	2350	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	218534721
34	NC_011760	ACA	2	6	2394	2399	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	218534721
35	NC_011760	GCG	3	9	2464	2472	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	218534721
36	NC_011760	CGG	2	6	2489	2494	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	218534721
37	NC_011760	GCTTA	2	10	2592	2601	20 %	40 %	20 %	20 %	218534722
38	NC_011760	GAG	2	6	2630	2635	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	218534722
39	NC_011760	GCT	3	9	2664	2672	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218534722
40	NC_011760	TCA	2	6	2754	2759	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	218534722
41	NC_011760	TCT	2	6	2775	2780	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	218534722
42	NC_011760	AGC	2	6	2818	2823	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	218534722
43	NC_011760	CGT	2	6	2884	2889	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218534722
44	NC_011760	GCT	2	6	2909	2914	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218534722
45	NC_011760	CCG	2	6	2942	2947	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	218534722
46	NC_011760	CGAA	2	8	3090	3097	50 %	0 %	25 %	25 %	218534722
47	NC_011760	GAC	2	6	3099	3104	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	218534722
48	NC_011760	CAG	2	6	3105	3110	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	218534722
49	NC_011760	AG	3	6	3116	3121	50 %	0 %	50 %	0 %	218534722
50	NC_011760	AAACC	2	10	3126	3135	60 %	0 %	0 %	40 %	218534722
51	NC_011760	TTA	2	6	3161	3166	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	218534722
52	NC_011760	AGC	2	6	3361	3366	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	218534722
53	NC_011760	AT	3	6	3432	3437	50 %	50 %	0 %	0 %	218534722
54	NC_011760	TGT	2	6	3564	3569	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	218534722
55	NC_011760	AGC	2	6	3625	3630	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	218534722
56	NC_011760	GAGCC	2	10	3707	3716	20 %	0 %	40 %	40 %	218534722
57	NC_011760	AG	3	6	3719	3724	50 %	0 %	50 %	0 %	218534722
58	NC_011760	CGG	2	6	3795	3800	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	218534722
59	NC_011760	GTC	2	6	3872	3877	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218534722
60	NC_011760	GCG	2	6	3890	3895	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	218534722
61	NC_011760	CTAA	2	8	4256	4263	50 %	25 %	0 %	25 %	218534723
62	NC_011760	TAT	2	6	4347	4352	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	218534723
63	NC_011760	GTC	2	6	4386	4391	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218534723
64	NC_011760	TCAA	2	8	4426	4433	50 %	25 %	0 %	25 %	218534723
65	NC_011760	CTG	2	6	4437	4442	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218534723
66	NC_011760	TCT	2	6	4483	4488	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	218534723
67	NC_011760	TTGGC	2	10	4497	4506	0 %	40 %	40 %	20 %	218534723
68	NC_011760	AGA	2	6	4580	4585	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	218534723
69	NC_011760	CCG	2	6	4958	4963	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	218534724
70	NC_011760	GAT	2	6	5013	5018	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218534724
71	NC_011760	TGC	2	6	5035	5040	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218534724
72	NC_011760	TG	3	6	5114	5119	0 %	50 %	50 %	0 %	218534724
73	NC_011760	CTT	2	6	5130	5135	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	218534724
74	NC_011760	CCT	2	6	5147	5152	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	218534724
75	NC_011760	ATTG	2	8	5186	5193	25 %	50 %	25 %	0 %	218534724
76	NC_011760	GGGC	2	8	5216	5223	0 %	0 %	75 %	25 %	218534724
77	NC_011760	TGT	2	6	5270	5275	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	218534724
78	NC_011760	CCGGCA	2	12	5303	5314	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	218534724
79	NC_011760	TGA	2	6	5324	5329	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218534724
80	NC_011760	GTTC	2	8	5339	5346	0 %	50 %	25 %	25 %	218534724
81	NC_011760	ACG	2	6	5368	5373	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	218534724
82	NC_011760	TCG	3	9	5383	5391	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218534724
83	NC_011760	GCGG	2	8	5439	5446	0 %	0 %	75 %	25 %	218534724
84	NC_011760	CTCA	2	8	5457	5464	25 %	25 %	0 %	50 %	218534724
85	NC_011760	ATC	2	6	5788	5793	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	218534725
86	NC_011760	CG	3	6	5795	5800	0 %	0 %	50 %	50 %	218534725
87	NC_011760	TGC	2	6	5802	5807	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218534725
88	NC_011760	CTGACC	2	12	5818	5829	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	218534725
89	NC_011760	CCG	2	6	5834	5839	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	218534725
90	NC_011760	GCCG	2	8	5853	5860	0 %	0 %	50 %	50 %	218534725
91	NC_011760	ACA	2	6	5867	5872	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	218534725
92	NC_011760	TTCCC	2	10	5952	5961	0 %	40 %	0 %	60 %	218534725
93	NC_011760	CGA	2	6	5991	5996	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	218534725
94	NC_011760	GCC	3	9	6010	6018	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	218534725
95	NC_011760	CT	3	6	7013	7018	0 %	50 %	0 %	50 %	218534726
96	NC_011760	TGGCA	2	10	7022	7031	20 %	20 %	40 %	20 %	218534726
97	NC_011760	GGA	2	6	7046	7051	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	218534726
98	NC_011760	CGA	3	9	7053	7061	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	218534726
99	NC_011760	CAG	2	6	7069	7074	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	218534726
100	NC_011760	TGGT	2	8	7085	7092	0 %	50 %	50 %	0 %	218534726
101	NC_011760	CAAG	2	8	7110	7117	50 %	0 %	25 %	25 %	218534726
102	NC_011760	GCT	2	6	7132	7137	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218534726
103	NC_011760	GCT	2	6	7168	7173	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218534726
104	NC_011760	GCG	2	6	7344	7349	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	218534727
105	NC_011760	GCG	2	6	7371	7376	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	218534727
106	NC_011760	GC	3	6	7469	7474	0 %	0 %	50 %	50 %	218534727
107	NC_011760	GCCC	2	8	7519	7526	0 %	0 %	25 %	75 %	218534727
108	NC_011760	GA	4	8	7547	7554	50 %	0 %	50 %	0 %	218534727
109	NC_011760	CAT	2	6	7561	7566	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	218534727
110	NC_011760	GAA	2	6	7574	7579	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	218534727
111	NC_011760	CCGG	2	8	7632	7639	0 %	0 %	50 %	50 %	218534727
112	NC_011760	CGA	2	6	7681	7686	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	218534727
113	NC_011760	CTGG	2	8	7694	7701	0 %	25 %	50 %	25 %	218534727
114	NC_011760	CT	3	6	7703	7708	0 %	50 %	0 %	50 %	218534727
115	NC_011760	GTG	2	6	7752	7757	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	218534727
116	NC_011760	CCT	2	6	7813	7818	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	218534727
117	NC_011760	GCC	2	6	7824	7829	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	218534727
118	NC_011760	AG	3	6	7857	7862	50 %	0 %	50 %	0 %	218534727
119	NC_011760	GCG	2	6	7903	7908	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	218534727
120	NC_011760	CTTCCG	2	12	7952	7963	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	218534727
121	NC_011760	GCC	2	6	7968	7973	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	218534727
122	NC_011760	CAG	2	6	8048	8053	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	218534727
123	NC_011760	GCG	3	9	8077	8085	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	218534727
124	NC_011760	GCG	3	9	8112	8120	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	218534727
125	NC_011760	CGC	2	6	8191	8196	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	218534727
126	NC_011760	GCA	2	6	8206	8211	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	218534727
127	NC_011760	CGT	2	6	8245	8250	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218534727
128	NC_011760	CCG	2	6	8265	8270	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	218534727
129	NC_011760	TGA	2	6	8277	8282	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218534727
130	NC_011760	TGCC	2	8	8327	8334	0 %	25 %	25 %	50 %	218534727
131	NC_011760	CTT	2	6	8369	8374	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	218534727
132	NC_011760	GGC	2	6	8411	8416	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	218534727
133	NC_011760	CG	3	6	8529	8534	0 %	0 %	50 %	50 %	218534728
134	NC_011760	CGG	2	6	8561	8566	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	218534728
135	NC_011760	GAT	2	6	8578	8583	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218534728
136	NC_011760	TGA	2	6	8598	8603	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	218534728
137	NC_011760	GC	3	6	8677	8682	0 %	0 %	50 %	50 %	218534728
138	NC_011760	CGAGGG	2	12	8724	8735	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	218534728
139	NC_011760	CTC	2	6	8768	8773	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	218534729
140	NC_011760	GGCG	2	8	8796	8803	0 %	0 %	75 %	25 %	218534729
141	NC_011760	CCG	2	6	8833	8838	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	218534729
142	NC_011760	GAC	2	6	8853	8858	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	218534729
143	NC_011760	AC	3	6	8957	8962	50 %	0 %	0 %	50 %	218534729
144	NC_011760	GCC	3	9	9150	9158	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	218534730
145	NC_011760	CAT	2	6	9310	9315	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	218534730
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148	NC_011760	CCGCGC	2	12	9424	9435	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	218534730
149	NC_011760	CGC	2	6	9512	9517	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	218534731
150	NC_011760	GCC	2	6	9548	9553	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	218534731
151	NC_011760	CCG	2	6	9595	9600	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	218534731
152	NC_011760	CGCC	2	8	9601	9608	0 %	0 %	25 %	75 %	218534731
153	NC_011760	GCC	2	6	9617	9622	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	218534731
154	NC_011760	GCCG	2	8	9632	9639	0 %	0 %	50 %	50 %	218534731
155	NC_011760	CCCCG	2	10	9671	9680	0 %	0 %	20 %	80 %	218534731
156	NC_011760	GC	3	6	9688	9693	0 %	0 %	50 %	50 %	218534731
157	NC_011760	CGC	2	6	9731	9736	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	218534731
158	NC_011760	CGA	2	6	9766	9771	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	218534731
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160	NC_011760	GACGCC	2	12	10150	10161	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	218534732
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162	NC_011760	ACA	2	6	10283	10288	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	218534732
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164	NC_011760	CGC	3	9	10434	10442	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	218534732
165	NC_011760	GCC	2	6	10492	10497	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	218534732
166	NC_011760	CGG	2	6	10512	10517	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	218534732
167	NC_011760	CCG	2	6	10684	10689	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	218534733
168	NC_011760	TGG	2	6	10790	10795	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	218534733
169	NC_011760	GC	4	8	10829	10836	0 %	0 %	50 %	50 %	218534733
170	NC_011760	TGGCG	2	10	10861	10870	0 %	20 %	60 %	20 %	218534733
171	NC_011760	GGTGC	2	10	10933	10942	0 %	20 %	60 %	20 %	218534733
172	NC_011760	GAC	2	6	10970	10975	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	218534733
173	NC_011760	TCG	3	9	10986	10994	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218534733
174	NC_011760	GCT	2	6	10999	11004	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218534733
175	NC_011760	CCCCG	2	10	11035	11044	0 %	0 %	20 %	80 %	218534733
176	NC_011760	CGATC	2	10	11050	11059	20 %	20 %	20 %	40 %	218534733
177	NC_011760	CGG	2	6	11090	11095	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	218534733
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248	NC_011760	GGA	2	6	16040	16045	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	218534741
249	NC_011760	CTG	2	6	16059	16064	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218534741
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252	NC_011760	GGT	2	6	16176	16181	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	218534741
253	NC_011760	GCT	2	6	16196	16201	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218534741
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257	NC_011760	TGAAC	2	10	16433	16442	40 %	20 %	20 %	20 %	218534741
258	NC_011760	TTA	2	6	16450	16455	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	218534741
259	NC_011760	GCT	2	6	16467	16472	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	218534741
260	NC_011760	CAA	2	6	16527	16532	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	218534741
261	NC_011760	CAA	2	6	16676	16681	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	218534741
262	NC_011760	CAG	2	6	16721	16726	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	218534741
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.